Aho Girl berpusat pada Yoshiko Hanabatake, seorang gadis yang sangat bodoh hingga membuat semua orang di sekitarnya heran dengan ketidakmampuannya berpikir logis. Yoshiko sering kali bertindak tanpa mempertimbangkan akibat dari perbuatannya, yang menyebabkan banyak masalah di sekolah maupun rumah.
Akuru Akutsu, teman masa kecil sekaligus tetangga Yoshiko, adalah satu-satunya yang bisa mengendalikan kelakuan anehnya. Namun, hubungan mereka sering kali dipenuhi dengan kekerasan verbal dan fisik karena Akuru frustrasi dengan kebodohan Yoshiko. Meski begitu, Yoshiko tetap menganggap Akuru sebagai teman baiknya, bahkan terkadang menyatakan perasaannya secara blak-blakan, meski selalu ditolak.
