Blue Archive the Animation: Kota akademi terbagi menjadi beberapa kawasan dan sebagian besar dianggap independen.
Federasi OSIS berperan sebagai dewan pemerintahan yang mengatur seluruh sekolah yang ada. Namun, kekuatan memerintahnya terhenti sejak Ketua Federasi OSIS menghilang secara misterius. Berbagai masalah mulai muncul di seluruh Kivotos karena absennya kepemimpinan Federasi OSIS.
Untuk mencegah bencana, Federasi OSIS meminta bantuan dari Divisi Investigasi Umum, atau dikenal sebagai Schale. Sebenarnya, Schale adalah klub baru yang terbentuk di kota itu dan satu-satunya yang disetujui sebelum sang ketua OSIS menghilang.
Untuk menyelesaikan tugasnya, Schale bergantung pada arahan seorang Sensei yang bisa membantu menyelesaikan masalah di Kivotos.
(Murid diharuskan membawa senjata pribadi dan ponsel pintar! Rasakan aksi militer, cinta, dan persahabatan yang bisa dirasakan di kota akademi!)
