Bokura no Ameiro Protocol menceritakan tentang: Shun Tokinoya, seorang siswa SMA kelas dua, tinggal bersama ibu dan adik perempuannya. Setelah ayahnya meninggal dalam kecelakaan dan adiknya terluka, Shun memutuskan untuk berhenti dari game yang sangat ia cintai. Kini, ia bekerja paruh waktu di sebuah kafe esports bernama “FOX ONE”, sambil menghabiskan waktu untuk belajar dan bersosialisasi dengan teman-teman masa kecilnya di dunia gaming.
Tiba-tiba, Shun mengetahui bahwa “FOX ONE” tenggelam dalam hutang yang dalam. Dalam upaya untuk melunasi hutang tersebut, Shun dan teman-temannya berharap dapat memenangkan “Xaxerion Championship” beserta hadiah uang yang ditawarkan. Kembali ke dunia game online, Shun berhadapan dengan Bakuretsu-kun, seorang pemain yang dulu sering bermain game bersamanya. Ikuti petualangan Shun dan teman-temannya dalam usaha mereka memenangkan kejuaraan dan menyelamatkan “FOX ONE” dari hutang!
