Charlotte: Jika bukan karena kemampuannya mengambil alih pikiran dan tubuh orang, Yuu Otosaka akan menjadi siswa SMA biasa. Meskipun hanya berlangsung selama lima detik, kekuatan misterius Yuu memungkinkan dia untuk menipu agar menjadi yang terbaik di kelasnya dan memasuki sekolah menengah bergengsi, di mana dia melanjutkan tindakan tidak jujurnya.
Kejahatannya akhirnya dihentikan oleh Nao Tomori—ketua OSIS yang keras kepala dari Akademi Hoshinoumi—yang mengetahui kebohongannya. Melalui paksaan, Nao meyakinkan Yuu untuk pindah ke Hoshinoumi dan bergabung dengan OSIS. Akademi Hoshinoumi diam-diam adalah sebuah institusi yang diciptakan untuk remaja yang memiliki kemampuan supernatural—dengan OSIS yang berfungsi sebagai sarana untuk menemukan orang-orang yang menyalahgunakan kekuatan mereka.
Dengan Yuu yang dengan enggan membantu urusan dewan, kelompok tersebut bertekad untuk mencari dan melindungi pengguna kemampuan baru dari bahaya. Namun, saat mereka menyelidiki lebih lanjut kemampuan tersebut, temuan mereka menjerat mereka dalam masalah yang jauh lebih rumit daripada yang dapat mereka bayangkan.
