Elfen Lied: Lucy adalah jenis manusia khusus yang disebut sebagai “Diclonius”, lahir dengan sepasang tanduk pendek dan tangan telekinetik tak kasat mata yang menjadikannya korban eksperimen ilmiah tidak manusiawi yang dilakukan pemerintah. Namun, ketika keadaan memberinya kesempatan untuk melarikan diri, Lucy, yang dirusak oleh pengurungan dan penyiksaan, melancarkan aliran darah saat dia melarikan diri dari para penculiknya.
Selama pelariannya, dia menerima cedera kepala yang melumpuhkan yang membuatnya memiliki kepribadian ganda: seseorang dengan mentalitas anak-anak yang tidak berbahaya dan memiliki kemampuan berbicara yang terbatas. Dalam keadaan tidak stabil ini, dia bertemu dengan dua mahasiswa, Kouta dan sepupunya Yuka, yang tanpa sadar membawa buronan yang terluka ke dalam perawatan mereka, tidak menyadari kecenderungannya untuk membunuh. Tindakan kebaikan ini akan mengubah hidup mereka, karena mereka akan segera terseret ke dalam dunia rahasia dan konspirasi pemerintah.
