Godzilla Singular Point ceritanya berfokus pada dua protagonis: Mei Kamino, seorang mahasiswa pascasarjana yang cerdas di bidang teknologi dan teori ilmiah, serta Yun Arikawa, seorang insinyur jenius di perusahaan pemeliharaan perangkat lunak bernama Otaki Factory. Mereka berdua terlibat dalam serangkaian peristiwa aneh ketika sebuah sinyal misterius menghubungkan mereka dengan fenomena yang melibatkan kemunculan makhluk raksasa, termasuk Godzilla.
Ketika makhluk kaiju mulai muncul di seluruh dunia, mereka disertai dengan fenomena anomali yang dikenal sebagai “Red Dust”, suatu zat misterius yang tampaknya memengaruhi ruang, waktu, dan realitas. Yun dan Mei, meskipun bekerja dari lokasi berbeda, mencoba memecahkan misteri di balik Red Dust, sinyal aneh, dan hubungan mereka dengan keberadaan Godzilla. Mereka menggunakan teknologi canggih dan pengetahuan ilmiah untuk menganalisis pola dan data yang mengarah pada ancaman besar yang dapat menghancurkan dunia.
