Just Because! ceritanya dimulai dengan Eita Izumi, seorang siswa SMA yang pindah kembali ke kota tempat ia tumbuh besar setelah beberapa tahun tinggal di luar kota. Di semester terakhir tahun ketiga SMA, ia bertemu kembali dengan teman-teman lamanya, termasuk Haruto Souma, sahabat masa kecilnya yang ceria, dan Mio Natsume, gadis yang diam-diam ia sukai saat masih kecil. Eita juga bertemu dengan Hazuki Morikawa, seorang anggota band sekolah yang menjadi perhatian Haruto, dan Ena Komiya, seorang fotografer muda yang ambisius yang memiliki minat besar pada Eita.
Saat para siswa SMA itu menghadapi ujian akhir, aplikasi universitas, dan keputusan masa depan yang sulit, hubungan mereka yang rumit mulai berkembang. Eita, yang awalnya tidak terlalu bersemangat tentang apa pun, mulai membuka hatinya kembali dan menghadapi perasaan lamanya terhadap Mio. Sementara itu, Mio sendiri bergumul dengan perasaan tak terjawab yang telah lama ia pendam untuk Haruto, menciptakan dinamika emosional yang realistis dan menyentuh.
