Kanon (2006) ceritanya berfokus pada Yuichi Aizawa, seorang remaja yang kembali ke kota tempat ia sering menghabiskan liburan masa kecilnya setelah absen selama tujuh tahun. Yuichi pindah untuk tinggal bersama bibinya, Ayu Tsukimiya, dan sepupunya, Nayuki Minase.
Meskipun Yuichi tidak mengingat banyak dari masa kecilnya, ketika ia mulai menjalani kehidupan sekolah barunya, ia bertemu dengan beberapa gadis yang masing-masing memiliki keterkaitan dengan masa lalunya yang terlupakan. Karakter-karakter tersebut membawa Yuichi masuk ke dalam kisah-kisah emosional dan misteri pribadi mereka, di mana beberapa di antaranya memiliki unsur supernatural.
Ayu Tsukimiya, seorang gadis berjiwa bebas yang berusaha mencari sesuatu yang hilang, memiliki hubungan khusus dengan Yuichi yang perlahan terungkap. Selain itu, Yuichi juga berinteraksi dengan gadis-gadis lain seperti Makoto Sawatari, yang memiliki ingatan kabur tentang masa lalunya, Mai Kawasumi, seorang gadis pendiam dengan kemampuan bertarung melawan kekuatan tak terlihat, dan Shiori Misaka, yang menderita penyakit serius.
Setiap karakter membawa Yuichi semakin dekat pada ingatan-ingatan masa kecilnya yang terlupakan, yang pada akhirnya mengarah pada pengungkapan penuh haru tentang masa lalunya dan koneksi dengan gadis-gadis tersebut.
