Kimizero menceritakan tentang: Ryuuto Kashima adalah seorang siswa SMA yang murung. Sebagai bagian dari sebuah permainan hukuman, ia terpaksa mengaku cinta kepada Runa Shirakawa, seorang gadis yang berada di puncak hirarki sekolah dan dikagumi oleh semua orang.
Dengan alasan yang tak terduga, “Eh, aku lagi nggak sibuk sih,” mereka memutuskan untuk pacaran. Namun, situasi menjadi rumit ketika Ryuuto tanpa sengaja mendengar Runa diakui cinta oleh anggota klub sepak bola yang tampan. Lebih lagi, Runa yang baru saja memulai hubungan dengannya, tanpa berpikir dua kali, membawa Ryuuto ke kamarnya.
Meski mereka memiliki teman-teman dan cara bersenang-senang yang berbeda, serta hampir tidak ada kesamaan di antara mereka, pasangan ini mulai saling memahami. Mereka terkejut setiap hari oleh perbedaan-perbedaan yang ada dan menerima kenyataan itu, memungkinkan hubungan mereka untuk tumbuh.
