Kokoro Connect: Ketika lima siswa di Akademi Yamaboshi menyadari bahwa tidak ada klub yang cocok untuk mereka, mereka bersatu untuk membentuk Perkumpulan Kebudayaan Mahasiswa, atau disingkat “StuCS”. Klub ini terdiri dari: Taichi Yaegashi, penggemar berat gulat; Iori Nagase, seorang optimis yang ragu-ragu; Himeko Inaba, seorang jenius komputer yang tenang; Yui Kiriyama, seorang praktisi karate bertubuh mungil; dan Yoshifumi Aoki, badut kelas.
Suatu hari, Aoki dan Yui mengalami kejadian aneh ketika, tanpa peringatan, mereka bertukar tubuh dalam waktu singkat. Ketika fenomena supernatural ini terus terjadi secara acak di antara kelima sahabat tersebut, mereka mulai menyadari bahwa ini bukan sekadar kesenangan dan permainan. Kini mereka terpaksa menjadi lebih dekat dari sebelumnya, mereka segera menemukan rahasia tersembunyi dan luka emosional satu sama lain, yang pada akhirnya bisa menghancurkan StuCS dan persahabatan mereka.
