Love Hina berpusat pada Keitaro Urashima, seorang pemuda yang bercita-cita masuk ke Universitas Tokyo (Todai) untuk memenuhi janji masa kecilnya kepada seorang gadis. Mereka berjanji untuk bertemu kembali di Todai suatu hari nanti. Namun, Keitaro gagal dalam ujian masuk beberapa kali, dan kehidupannya menjadi rumit ketika dia dipaksa untuk tinggal di penginapan keluarganya, yang telah berubah menjadi asrama khusus wanita.
Keitaro menjadi pengelola asrama tersebut, meskipun pada awalnya tidak diterima dengan baik oleh para penghuni wanita, yang terdiri dari karakter-karakter unik seperti Naru Narusegawa, seorang gadis cerdas dan kuat yang juga ingin masuk Todai. Meski sering terlibat dalam situasi komedi akibat kesalahpahaman dan kecelakaan, Keitaro perlahan mulai dekat dengan para penghuni asrama, terutama dengan Naru.
