Qualidea Code – Dunia mengalami kehancuran besar setelah kemunculan makhluk misterius bernama Unknown, yang menyerang umat manusia tanpa ampun. Untuk melindungi generasi mendatang, anak-anak dievakuasi ke fasilitas khusus dan ditempatkan dalam kondisi tidur kriogenik. Ketika mereka bangun bertahun-tahun kemudian, mereka mendapati diri mereka telah memperoleh kekuatan super yang dikenal sebagai World.
Dengan kekuatan baru ini, para remaja dibagi ke dalam tiga wilayah utama di Jepang: Tokyo, Kanagawa, dan Chiba. Setiap wilayah memiliki pemimpin dan pasukan khusus untuk melawan Unknown. Ichiya Suzaku dan Canaria Utara memimpin wilayah Tokyo, Kasumi Chigusa dan Asuha Chigusa memimpin Kanagawa, sementara Maihime Tenkawa dan Hotaru Rindou memimpin Chiba. Meski memiliki tujuan yang sama, ketiga wilayah ini sering terlibat konflik karena perbedaan pandangan dan kepemimpinan.
Saat pertempuran melawan Unknown semakin intens, rahasia gelap tentang dunia mereka mulai terungkap. Para pemimpin remaja ini harus mengesampingkan ego dan konflik mereka untuk melindungi umat manusia, sembari menghadapi kenyataan mengejutkan tentang hubungan mereka dengan musuh yang mereka lawan.
