Shironeko Project: Zero Chronicle: Dunia terbagi menjadi dua kerajaan: Kerajaan Putih, yang melayang di langit dan diperintah oleh ratu mereka Iris, dan Kerajaan Hitam, yang berdiri di atas tanah terpencil dan menampung Raja Kegelapan sebagai penguasanya. Akhir-akhir ini, kekuatan jahat telah mengumpulkan kekuatan besar dan menjadi ancaman bagi seluruh dunia. Menjadi wakil utama Cahaya, sudah menjadi tugas Iris untuk menjaga keseimbangan dunia dan melawan kegelapan di kerajaannya.
Sementara itu di Kerajaan Hitam, monster-monster yang mengamuk memusnahkan desa milik anak laki-laki tertentu, sehingga dia menjadi satu-satunya yang selamat. Saat dia berduka karena putus asa, seorang pria lapis baja bernama Skeer memperhatikan anak itu dan menghiburnya. Segera setelah itu, Skeer menyadari potensi anak laki-laki itu untuk mengubah status quo kerajaan dan menjadikannya ahli warisnya sebelum meninggal. Anak laki-laki itu kemudian bersumpah untuk menjadi Pangeran Kegelapan—orang yang akan menggantikan Raja—untuk membawa dunia kembali ke jalur yang benar.
Saat Iris dan Pangeran Kegelapan menantang malapetaka yang akan dihadapi dunia dengan caranya masing-masing, nasib mereka akan bertemu satu sama lain, dan mungkin, ikatan mereka akan menentukan nasib dunia.
