Soredemo Ayumu wa Yosetekuru bercerita tentang hubungan antara dua anggota klub shogi, Ayumu Tanaka dan Urushi Yaotome. Ayumu adalah seorang siswa tahun pertama yang baru saja bergabung dengan klub shogi yang diadakan oleh Urushi, seorang siswa tahun kedua. Meskipun Ayumu tidak begitu mahir bermain shogi, dia sangat gigih dan selalu berusaha untuk menang melawan Urushi.
Ayumu memiliki perasaan kepada Urushi, tetapi dia memutuskan untuk tidak menyatakan cintanya sampai dia berhasil mengalahkannya dalam permainan shogi. Urushi, di sisi lain, sering kali menggoda Ayumu dengan harapan bisa membuatnya mengungkapkan perasaannya, meskipun dia sendiri memiliki perasaan terhadap Ayumu.