Sunohara-sou no Kanrinin-san berfokus pada Aki Shiina, seorang anak laki-laki pemalu yang sering disalahpahami sebagai perempuan karena penampilannya yang feminin. Karena ingin menjadi lebih maskulin, Aki memutuskan untuk pindah ke Tokyo dan tinggal di asrama Sunohara-sou, di mana ia berharap bisa memulai kehidupan baru sebagai siswa SMP.
Di asrama tersebut, Aki bertemu dengan Ayaka Sunohara, pengelola asrama yang cantik, lembut, dan keibuan. Ayaka sangat perhatian dan peduli terhadap Aki, sering kali memperlakukannya dengan kasih sayang yang membuat Aki merasa canggung. Selain Ayaka, Aki juga harus tinggal bersama tiga gadis SMA lain yang tinggal di asrama, yang semuanya memiliki kepribadian unik dan sering kali menggoda Aki.
