Under Ninja menceritakan tentang: Kudo, seorang siswa SMA yang terasing, secara tak terduga mendapatkan pekerjaan paruh waktu impian sebagai ninja masa kini yang bertugas melakukan pembunuhan internasional.
Pasca Perang Dunia II, Komando Sekutu di Jepang mendirikan sebuah agensi baru untuk mengatasi terorisme dan kekerasan di kawasan Pasifik. Agensi ini diisi oleh ninja-ninja yang pada awalnya hanya menangani masalah domestik. Namun, seiring waktu, program ini berkembang pesat hingga menjadi organisasi besar yang mengelola 20.000 ninja, yang bertugas dalam berbagai masalah domestik dan internasional.
Salah satu ninja tersebut adalah Kudo, seorang remaja berusia 17 tahun yang tidak populer di sekolahnya. Kini, dia telah ditunjuk sebagai benteng pertahanan berikutnya untuk melindungi Tokyo dari ancaman peningkatan serangan oleh pembunuh bayaran asing.
