Wonder Egg Priority ceritanya berpusat pada Ai Ooto, seorang gadis remaja yang menarik diri dari kehidupan sosial setelah kehilangan sahabatnya, Koito Nagase, yang meninggal dalam keadaan tragis. Dalam isolasinya, Ai menemukan sebuah telur misterius yang dikenal sebagai “Wonder Egg” dari seorang figur misterius. Dia diberitahu bahwa jika dia memecahkan telur tersebut dalam mimpi, dia dapat menyelamatkan seseorang yang telah meninggal.
Setiap malam, Ai memasuki dunia mimpi yang penuh dengan makhluk menyeramkan yang melambangkan rasa sakit dan trauma. Di sana, ia melindungi gadis-gadis yang keluar dari Wonder Egg dari ancaman makhluk tersebut, dengan harapan dapat membawa Koito kembali ke kehidupannya. Dalam perjalanannya, Ai bertemu dengan gadis-gadis lain yang memiliki latar belakang dan trauma mereka sendiri, seperti Neiru Aonuma, Rika Kawai, dan Momoe Sawaki. Mereka bekerja sama untuk menghadapi tantangan dan menemukan makna di balik telur tersebut.
Namun, di balik warna dan imajinasi dunia ini, tersembunyi misteri gelap tentang tujuan sebenarnya dari Wonder Egg dan konsekuensi yang harus mereka hadapi.
